働き方改革関連法案から裁量労働制の拡大を切り離すことを受けて、野党側は、高収入の一部の専門職を労働時間の規制から外す「高度プロフェッショナル制度」についても追及を強めている。

民進党の吉川議員は、高度プロフェッショナル制度も裁量労働制を拡大するものだとして、法案から切り離すべきだと迫った。

民進党・吉川沙織議員「裁量労働制の拡大と高度プロフェッショナル制度の導入は、同じ方向を向いてます。他方で、長時間労働の上限規制を罰則つきで入れるというのは、政策の方向性からしたら全くもって真逆です。一つの法案の中に議員の賛否が分かれるようなものを紛れ込ませて束ねて出してくるのではなくて、別々に出してくるべきではないかと思うんですが、いかがでしょうか」

安倍首相「いずれも健康を確保しつつ、誰もが事情に応じた多様な働き方を自由に選択することを可能とすることで、その能力を発揮できる労働制度への改革という一つの趣旨、目的を持つものであり、一つの法案でお示しをすることが適当と考えているところでございます」

これに対して吉川議員は、「高度プロフェッショナル制度によって、せっかくの長時間労働の上限規制が矮小（わいしょう）化されてしまう」と批判した。

また、制度の対象となる年収が将来的に引き下がることはないかただしたが、加藤厚生労働相は「要件を緩和していく考えはない」と明言した。