国会では、柳瀬元首相秘書官の参考人招致が行われている。柳瀬氏は２０１５年に首相官邸で加計学園の関係者と面会したことを認めたが、野党側は面会したことを安倍首相に報告をしなかったのか追及している。

野党側は首相秘書官が面会を報告するのは、職務上の責任だとして、安倍首相が加計学園の獣医学部新設の意向を知ったのは去年１月という答弁との矛盾をあぶり出そうとしている。

無所属の会・江田憲司議員「普通の秘書官であれば、いや総理、明日の夜お会いになるようですけども、数日前、私、加計学園の皆さんとお会いしてこういう意見交換したんですよって、ちょっと耳寄せするのは総理秘書官の職責じゃないんですか」

柳瀬元首相秘書官「特に総理にお話をしたことはございません」

江田憲司議員「総理、この前は秘書官に会っていただきまして、ありがとうぐらいのことは言うだろうという予想つきますよね。その時に安倍総理がポカンと、え？って言わないように事前に言うっていうのは、当たり前の総理秘書官の職責ですよ。それをしなかったんですか」

柳瀬元首相秘書官「（加計理事長は）総理の長年のご友人ということでございましたので総理が立ち往生するとか、ポカンとするとか、それってなかなかあり得ないことでございますので、あえて総理にお耳に入れるほどの話とは思いませんでした」

また江田議員は首相秘書官がなぜ加計学園関係者に官邸で３回も会うというサービスをしたのかただした。

柳瀬氏は、国家戦略特区の事業者で面会したのは、加計学園関係者だけだとしつつも「できるだけ外の方の話を聞くということで、アポイントがあれば基本的に受けるということだ」として特別扱いした訳ではないとの認識を強調した。