国会では加計学園の問題をめぐり、柳瀬元首相秘書官の参考人招致が行われている。柳瀬氏は２０１５年４月に首相官邸で加計学園の関係者と面会したことを認め、同席者に愛媛県や今治市の職員がいたかもしれないと述べた。

柳瀬氏「加計学園の事務局の方から面会の申し入れがありまして、（２０１５年）４月頃に加計学園の方、その関係者の方と面会いたしました。１０人近くの同席者の中で、メーンスピーカーでない随行者の中に、愛媛県や今治市の方たちがいらっしゃったのかな、かもしれないなと、こういうふうに思います」

柳瀬氏はまた、面会した加計学園の関係者の１人は、現在の獣医学部長の吉川泰弘氏だったと明らかにした。

一方、愛媛県が作成した文書にあった「首相案件」と発言したのかについては、「獣医学部新設について、安倍首相が早急に検討していくと述べている案件だという趣旨は紹介したように思う」とした上で、「私が伝えたかった趣旨とは違う形で伝わっている気がする」と述べた。

また、柳瀬氏は「加計学園の件で安倍首相に報告したことも指示を受けたことも一切ない。安倍首相と加計学園の関係者がいるときに、獣医学部新設の話が出た覚えもまったくない」と否定した。