「森友学園」をめぐり決裁文書の改ざんが明らかとなった一方で、愛媛県今治市の職員が作成した報告書も書き換えられていた可能性があることが分かった。市民団体は、書き換えられたのは「加計学園に関係している部分だ」と主張し、刑事告訴した。

今治市の職員は、獣医学部の誘致に向け２０１５年６月に国家戦略特区のワーキンググループのヒアリングに出席し、報告書にあたる公文書の「復命書」を作成している。市民団体が２０１６年１２月に情報公開請求したところ、大部分が黒塗りになった計７ページの「復命書」が公開された。

その後、加計学園問題が国会などで大きく取り上げられ、市民団体が２０１７年６月に情報公開請求したところ、黒塗り部分はなくなったものの、ページ数が５ページに減った新たな「復命書」が公開されたという。

新たな「復命書」ではヒアリング出席者の行が５行削除されていて、市民団体は「削除されたのは加計学園関係者の名前で、加計ありきで審査が進んでいたことを隠すため」などと主張。虚偽公文書作成などの罪にあたるとして松山地検今治支部に告訴している。

これに対し今治市は「復命書の書き換えではなく、内閣府の議事録を確認し聞き取り間違いなどを正して別途作成したもので、両方の復命書を保管しており問題ない。内閣府の指示もなかった」と説明している。