国会では加計学園の問題をめぐり閉会中審査が行われている。民進党の蓮舫代表は、萩生田官房副長官が「加計学園が誰も文句が言えないような良い提案をできるかどうかだ」などと発言したと記載されている文書について真偽をただした。

　文書は文科省の調査では確認できなかったとされているが、前川・前文部科学事務次官は「さがせば出てくると思う」と述べた。一方、松野文科相は「十分に合理的な調査がなされた」として文書をめぐるさらなる調査に否定的な考えを示した。萩生田副長官は「文書に書いてあるような言葉で回答した記憶はない」と強調した。

　また、蓮舫代表は菅官房長官が前川氏について天下りあっせん問題を受けても次官の地位にしがみついていたと批判したことについて事実関係をただした。

　蓮舫代表「菅長官は『前川参考人が地位に恋々としがみついていた』こう発言していますが、しがみついておられたんでしょうか」

　菅官房長官「事実に基づいて発言をしています。前川氏から『せめて定年期限の３月まで次官を続けさせてほしい』という話があったという報告も１月の時点で受けています」

　前川氏「今、官房長官がおっしゃった経緯は全く事実に反します。私は１月４日の時点では、私は自分の心の中では引責辞任を決意しておりました。また、私の親しい文部科学省の幹部にそのことは伝えてございます」

　このように両者の発言は真っ向から食い違った。

　また、これに先だって前川氏は獣医学部の新設について「初めから加計学園に決まるようにプロセスを進めてきたように見える」と述べ「非常に不公平だ」と指摘した。

　一方、国家戦略特区ワーキンググループの民間委員は「加計学園ありきという指摘が全くの虚構であることは、議事録を見てもらえばすぐにわかる」と反論した。