ＳＴＡＰ細胞の論文をめぐる問題で、理化学研究所が再調査を行わない決定をしたことを受け、小保方晴子氏側は「到底承服できない」と激しく反発した。

　小保方氏の代理人・三木秀夫弁護士「信用性が全くない調査委員会において、こういう結論を早期に出されたということについては本当に腹立たしく、残念に思っております」「明らかに結論ありき。最初から“研究不正”と断定をした上で、理論、理由を組み立てている。こちらが真摯（しんし）に書いた主張を丹念に読んでいただいたとは到底思えない」「細かい揚げ足取りをして研究生活から追放しようというのはどういうことなんでしょう。本来は若い研究者として反省すべきは反省して、この研究を進めてやらせてほしいです」

　理研の決定後、代理人と電話で話した小保方氏は、「一生懸命やってきたのに何を言っても通らないんだ」と絶望感に打ちひしがれていたという。論文については今も撤回する意思はないという。