１２日の鉄道の運行情報は以下の通り。

　ＪＲ東日本によると、東北、山形、秋田の各新幹線は運転再開の見込みが立っていない。橋や高架橋などへの被害を確認しているところで、少なくとも１２日に復旧することはなく、１３日以降も現時点では復旧の見込みが立っていない。また、１２日午前４時前に発生した長野県北部で最大震度６強を観測した地震を受けて、上越、長野の各新幹線も新たな点検が必要になるため、復旧の見込みが立っていないという。

　首都圏の在来線は、１２日午前７時頃から、以下の路線について通常の３～５割の本数で運転を再開する予定。運転を再開するのは、中央線快速の全線、青梅線・五日市線の全線、中央線・総武線の各駅停車全線、埼京線の大崎～大宮、京浜東北・根岸線の大宮～桜木町、常磐線快速の上野～我孫子、常磐線各駅停車の綾瀬～取手、東海道線の東京～熱海、横須賀線の大船～逗子、総武線快速の東京～千葉、横浜線の全線、高崎線の全線となっている。山手線に関しては、新宿駅と新大久保駅の間で線路の隆起があり、補修作業を行うことから、作業が終わる１２日午前８時頃から通常の３～５割の本数で運転を再開する見込み。

　なお、特急列車については、ほとんど運転できない見込み。